Sau mùa giải 2012–13, đội bóng cũ ND Mura 05 trải qua khó khăn về tài chính và bị giải thể.[2] Đội bóng mới thành lập sử dụng câu lạc bộ trẻ để đăng kí đội tham dự mùa giải 2013–14 dưới tên gọi NŠ Mura.[3] Mùa giải đầu tiên là ở 1. MNL Murska Sobota nơi đội về đích thứ hai và lên chơi tại Giải bóng đá hạng ba quốc gia Slovenia. Tại mùa giải 2016–17 và 2017–18, Mura có hai lần thăng hạng liên tiếp để lên thi đấu tại hạng cao nhất của bóng đá Slovenia lần đầu tiên. Ở mùa giải 2018–19, câu lạc bộ về đích thứ tư tại PrvaLiga và giành quyền tham dự UEFA Europa League, giải đấu châu Âu đầu tiên của đội.